潘季驯推辞再三，说河工正到紧要处，丢不下；况且《河防一览》乃我毕生心血，正在最关键的收尾阶段。余有丁只说了一句：“倭人已经在造船了。丰臣秀吉磨刀霍霍，不出几年，海防告急。到时沿海百姓民不聊生，生灵涂炭。河防如内疮，病发尚需时日；海防外患如利刃加身，随时可能当头一刀。”
潘季驯沉默了很久。
余有丁又说：“皇上已许我调人便利。我回京就上本，请皇上加你一个衔，让你以原官暂离河工，赴京协理海防。差事办完，你还回你的黄河。”
潘季驯把手里的图纸交给副手，把那叠书稿草稿让下人整理好，一起带上就进京了。
余有丁回京后，果然上了一道密本，请皇帝加潘季驯“协理海防”差事。皇帝批了，旨意简明：“潘季驯以右都御史、总督河道原衔，暂离河工，赴京协理海防勘察事宜。河工事务，着有司暂代。”程序走得干干净净。
一个月里，两人带着工部、兵部、户部、都察院、锦衣卫的十几名官员，废寝忘食，整理出一份厚厚的《海防实情节略》。潘季驯的案头，河防草稿旁边，多了一叠海防档册。